Ближайшее будущее, Япония, 2035 год. Взрыв — масштабный инцидент, вызванный изучением искусственных организмов, который привёл к прорыву из исследовательского центра одного из них, впоследствии названного Материей, и его распространению по всему ущелью Куробэ. Из-за этого правительство запретило доступ в целый исследовательский город, ранее провозглашавшийся надеждой всего человечества.
Два года спустя пятнадцатилетняя Айко Тачибана, потерявшая во время Взрыва всю свою семью, узнаёт от переведённого ученика Юи Канзаки невероятную правду о произошедшем инциденте и о секрете, скрытом в её собственном теле. Остальные части этой головоломки лежат в Первичной Точке — эпицентре Взрыва. Поэтому Айко вместе с Юей в качестве проводника и в сопровождении команды дайверов — людей в специальных органических костюмах, выполняющих миссии на поглощённой Материей территории, — отправляется в глубину запретной зоны, чтобы выяснить всю правду.